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概述

R是用于统计计算和图形的免费软件环境。

要在Apache Zeppelin中运行R代码和可视化图形,您将需要在主节点(或您的开发笔记本电脑)上使用R。

  • 对于Centos: yum install R R-devel libcurl-devel openssl-devel
  • 对于Ubuntu: apt-get install r-base

使用简单的R命令验证安装:

R -e "print(1+1)" 

要享受plots,请安装附加库:

+ devtools with `R -e "install.packages('devtools', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"` 
+ knitr with `R -e "install.packages('knitr', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"` 
+ ggplot2 with `R -e "install.packages('ggplot2', repos = 'http://cran.us.r-project.org')"` 
+ Other vizualisation librairies: `R -e "install.packages(c('devtools','mplot', 'googleVis'), repos = 'http://cran.us.r-project.org'); require(devtools); install_github('ramnathv/rCharts')"` 

我们建议您还安装以下可选的R库,用于快乐的数据分析:

  • glmnet
  • PROC
  • data.table
  • caret
  • sqldf
  • wordcloud

 

配置

要使用R解释器运行Zeppelin,SPARK_HOME必须设置环境变量。最好的方式是编辑conf/zeppelin-env.sh。如果没有设置,R解释器将无法与Spark进行接口。

你也应该复制conf/zeppelin-site.xml.templateconf/zeppelin-site.xml。这将确保齐柏林首次见到R解释器。

 

使用R解释器

默认情况下,将R解释显示为两个Zeppelin解释器,%r%knitr

%r将表现得像普通REPL。您可以像CLI中一样执行命令。

R基本绘图得到完全支持

如果您返回一个data.frame,则Zeppelin将尝试使用Zeppelin的内置可视化进行显示。

%knitr接口直接针对knitr第一行的chunk选项:

两位解释器的环境相同。如果您定义了一个变量%r,那么如果您使用一个调用,它将在范围内knitr

 

使用SparkR&语言间移动

如果SPARK_HOME设置,SparkR包将自动加载:

星火上下文和语境SQL创建并注入当地环境自动scsql

同样的情况下与共享%spark%sql%pyspark解释:

您还可以使普通的R变量在scala和Python中可访问:

反之亦然:

 

警告和故障排除

  • R解释器几乎所有的问题都是由于错误设置造成的SPARK_HOME。R解释器必须加载SparkR与运行版本的Spark匹配的软件包版本,并通过搜索来实现SPARK_HOME。如果Zeppelin未配置为与Spark接口SPARK_HOME,则R解释器将无法连接到Spark。

  • knitr环境是持久的。如果您从Zeppelin运行一个更改变量的块,则再次运行相同的块,该变量已被更改。使用不变变量。

  • (请注意,%spark.r%r是调用同一解释的两种不同的方式,因为是%spark.knitr%knitr默认情况下,Zeppelin将R解释器放在%spark.翻译组。

  • 使用%r解释器,如果你返回一个data.frame,HTML或一个图像,它将主导结果。所以如果你执行三个命令,一个是hist(),所有你会看到的是直方图,而不是其他命令的结果。这是一个Zeppelin限制。

  • 如果您从解释器返回data.frame(例如,从调用head()%spark.r,则将由Zeppelin的内置数据可视化系统进行解析。

  • 为什么knitr不是的rmarkdown?为什么没有htmlwidgets?为了支持htmlwidgets,它具有间接依赖,rmarkdown使用pandoc,这需要写入和读取光盘。这使它比knitrRAM完全运行的速度慢许多倍。

  • 为什么不ggvisshiny?支持shiny需要将反向代理集成到Zeppelin中,这是一项任务。

  • 最大的OS X和不区分大小写的文件系统。如果您尝试安装在不区分大小写的文件系统(Mac OS X默认值)上,则maven可能无意中删除安装目录,因为r它们R成为相同的子目录。

  • 错误unable to start device X11与REPL解释。检查你的shell登录脚本,看看它们是否在DISPLAY调整环境变量。这在某些操作系统上是常见的,作为ssh问题的解决方法,但可能会干扰R绘图。

  • akka库版本或TTransport错误。如果您尝试使用SPARK_HOME运行Zeppelin,该版本的Spark版本与-Pspark-1.x编译Zeppelin时指定的版本不同。

 

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